La carrera de Ingeniería Química en la Universidad de El Salvador nació a partir de la carrera de Química Industrial, cuyo estudio, se introdujo con la fundación de la Facultad de Ciencias Químicas en la Universidad de El Salvador en el año de 1957, precisamente en el contexto en el cual se ponía en práctica en el país el primer esfuerzo oficial de industrialización, como una respuesta a una necesidad específica de desarrollo de Nación.
La Facultad de Ciencias Químicas en la Universidad de El Salvador se dividió inicialmente en cuatro escuelas: Geología, Química Biológica, Química y Farmacia y Química Industrial. Un año después de la fundación de la carrera de Química Industrial, ya se disponía de una Planta Piloto, orientada a la enseñanza y práctica de las operaciones unitarias y el procesamiento de alimentos, especialmente enlatado (UES – FIA – EIQ, 1998).
En 1970 el programa de Química Industrial se transformó en el programa de Ingeniería Química, con la introducción de materias como Cinética Química Aplicada y Transferencia de Masa, formándose así la Escuela de Ingeniería Química, que se separó de la Facultad de Ciencias Químicas para incorporarse a la Facultad de Ingeniería y Arquitectura.
En el año de 1971, fue creada, dentro de la Escuela de Ingeniería Química, la carrera de Ingeniería de Alimentos con el objeto de cubrir la necesidad de personal especializado en el área de ciencia, tecnología e industria de alimentos, programa que junto con el programa de Ingeniería Química continúa siendo administrado por la Escuela de Ingeniería Química (UES – FIA – EIQ, 1998).
A partir del 21 de septiembre de 2012, y segun acuerdo Nº77/2011 - 2013 (XV) de la Asamblea General Universitaria, el nombre de la Escuela de Ingeniería Química cambió, oficialmente, por el nombre de Escuela de Ingeniería Química e Ingeniería de Alimentos, identificandose con las siglas EIQIA - FIA - UES.